El CPEIP Azpilagaña toma el nombre del barrio en el que está situado. Comenzó de manera provisional en los locales de la Casa de Misericordia y es en el año 1986 cuando se sitúa el colegio en su ubicación actual en la calle Río Alzania nº 22.

El colegio se convierte en centro preferente de integración de alumnado con discapacidad motórica en el año 1987, dotándolo de medios físicos y humanos para desempeñar dicha función. Posteriormente, en el curso 2006/2007, el centro ofrece enseñanza bilingüe castellano-inglés y se adhiere al programa British del British-Council. Dicho programa tiene como objetivo proporcionar al alumnado una,  educación bilingüe a través de un currículum integrado de las lenguas española e inglesa, teniendo como marco de referencia el currículo establecido por el Gobierno de Navarra. En ese curso escolar se imparte en toda la etapa de Educación Infantil para ir ampliándose progresivamente en los sucesivos cursos escolares y en los diferentes cursos de Educación Primaria, de manera que en el curso 2012/2013 quedó totalmente implantado tanto en Educación Infantil como en Educación Primaria.

Al finalizar el curso 2019/2020 y con la votación masiva del claustro, el centro decide incorporarse al programa PROEDUCAR-HEZIGARRI para los tres siguientes cursos escolares. Dicho programa pertenece al Gobierno de Navarra y tiene como objetivo general luchar contra el fracaso y el abandono escolar temprano y propiciar la inclusión educativa y el éxito escolar de todo el alumnado. Ese mismo curso, el centro se incorpora al programa SKOLAE, propuesto por el Departamento de Educación para ser aplicado en todos los centros escolares de Navarra en un proceso durante los años 2017-2021 y que tiene como objetivo crear un itinerario coeducativo para el alumnado, además de un plan de acción y un plan de formación enfocado a hacer realidad la igualdad entre hombres y mujeres.

Al finalizar el curso 2020/2021 el centro se incorpora, previa votación del claustro, al programa PROA+ destinado a fortalecer a los centros que presenten mayor complejidad educativa en términos de vulnerabilidad, con la finalidad de mejorar los resultados escolares de todo el alumnado y especialmente de los/as más vulnerables además de incrementar el porcentaje de alumnado que permanezca en el sistema educativo. En el curso 2021/2022 el centro es elegido para ser uno de los siete centros que piloten dicho programa dentro de Navarra y desarrollar un Plan Estratégico de Mejora (PEM) enfocado a conseguir los objetivos de dicho programa.